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Escribo este post porque compilar PHP-GTK 2 en Ubuntu Intrepid no es tan obvio como debería ser, o al menos como dicen acá.
Descargué la última versión estable de PHP-GTK 2, la 2.0.1 pero al intentar compilarlo tira algunos errores, en LaunchPad hay un reporte sobre este bug. El fix para esto es

cd /usr/share/aclocal
cat lt~obsolete.m4 ltoptions.m4 ltsugar.m4 ltversion.m4 >> libtool.m4

por un problema con libtool.
El tema es que después de hacer esto tampoco compiló. Se me ocurrió probar la versión del CVS de PHP-GTK pero pasaba el configure pero al hacer make tiraba otros errores.
La solución fue descargar la versión anterior a la estable de PHP-GTK, la 2.0.0. Este es el link para descargarla http://gtk.php.net/do_download.php?download_file=php-gtk-2.0.0.tar.gz
Una vez descargado, solo hay que hacer

./buildconf --with-phpize=/usr/bin/phpize5
./configure --with-php-config=/usr/bin/php-config5
make
sudo make install

Después para poder usarlo hay que crear /etc/php5/conf.d/php_gtk2.ini, con el siguiente contenido

extension=php_gtk2.so

para comprobar si el módulo carga correctamente

php -m|grep php-gtk

y listo, ese fue todo el post dominguero ;)